2006年12月16日，在我院召开5周年院庆期间，同时召开了福建省首届独立学院院长论坛，来自全省9所独立学院的代表们参加了本次论坛。本次论坛由省教育厅有关领导提议，经向省教育厅有关领导请示同意，并与我省各独立学院领导协商，由我院承办的。围绕“专业结构调整与独立学院的发展” 这一主题，8所独立学院的代表在会上作了发言。
    代表们围绕着独立学院的专业结构设置、学科建设、师资队伍建设等问题进行了探讨和交流，理论与实践相结合，涉及了独立学院的人才培养方向和战略发展思路。与会代表在达成了共识，独立学院应主动适应福建经济结构、产业结构和技术结构调整的需要，认真做好市场调查和人才需求预测分析，在主动适应社会主义市场经济体制的需要下，建立与人才市场、就业市场相适应的专业结构调整机制，对有行业发展需求、有社会效益、毕业生就业前景好的专业，应加强建设，改善办学条件，扩大办学规模。深化办学模式和人才培养模式改革，大力加强专业内涵建设，充分发挥自身优势，形成特色专业，这样就能进一步推动独立学院本身的可持续发展。

整个气氛热烈活泼，紧张有序。通过院长论坛这个平台，独立学院之间进行了信息与经验交流，加深了相互理解，对独立学院和高等教育的发展将发挥积极的作用。

中国科学院生物数学研究所陈兰孙教授在会上作了总结发言，他希望今后还应继续加强独立学院之间的交流与研讨。